Utilisation du thésaurus MeSH associé à des mots du texte par rapport à l'utilisation de mots du texte seuls - Une analyse comparative des requêtes PubMed issues de revues systématiques. Leblanc, V., Hamroun, A., Lenain, R., & Chazard, E. Journal of Epidemiology and Population Health, 72:202239, March, 2024.
Utilisation du thésaurus MeSH associé à des mots du texte par rapport à l'utilisation de mots du texte seuls - Une analyse comparative des requêtes PubMed issues de revues systématiques [link]Paper  doi  abstract   bibtex   
Introduction L'augmentation prononcée du nombre de publications renforce les connaissances scientifiques et médicales mais rend plus complexe la synthèse des résultats de la recherche scientifique. Le thésaurus MeSH a été créé au milieu du XXe siècle dans le but de systématiser l'indexation et de faciliter la récupération des articles scientifiques. Malgré l'avènement des moteurs de recherche par termes libres, peu d'études ont remis en question la pertinence du thésaurus MeSH, et aucune ne l'a fait de manière systématique. L'objectif de notre étude était de mesurer l'apport du thésaurus MeSH dans les requêtes PubMed construites pour des revues systématiques (RS) de la littérature. Méthodes Nous avons sélectionné l'ensemble des RS publiées dans quatre journaux prestigieux entre 2012 et 2021 et pour lesquelles une requête PubMed a été fournie. Chaque requête originale (V1) a été transformée pour obtenir une version contenant uniquement des mots du texte (V2) et une version contenant uniquement des termes MeSH (V3). Les trois requêtes ont été comparées en termes de sensibilité et de valeur prédictive positive (VPP). Résultats Au total, 70 RS ont été incluses. Trois requêtes V1 (4,3 %) ne contenaient que des termes MeSH, 8 (11,4 %) ne contenaient que des mots du texte, et 59 (84,3 %) contenaient à la fois des termes MeSH et des mots du texte. La suppression des termes MeSH a diminué la sensibilité médiane (50,0 % pour V1 à 42,4 % pour V2) et a augmenté la VPP médiane (1,3 % pour V1 à 1,6 % pour V2), elle n'a eu aucun effet sur le nombre d'articles pertinents récupérés pour 39 des 70 revues (56 %). En revanche, la suppression des mots du texte a diminué la sensibilité médiane (50 % pour V1 à 16,7 % pour V3) et a diminué la VPP médiane (1,3 % pour V1 à 1,0 % pour V3). En d'autres termes, les requêtes contenant des termes MeSH et des mots du texte fournissaient en moyenne 4 articles pertinents supplémentaires par RS par rapport aux requêtes contenant uniquement des mots du texte, mais il fallait trier 769 articles supplémentaires. Conclusion Il apparaît que l'ajout de sensibilité par l'utilisation du thésaurus MeSH est relativement faible et cette augmentation entraîne une perte de VPP significative. Le thésaurus Mesh pourrait ne pas être adapté aux enjeux futurs d'optimisation de la vitesse de réalisation des revues systématiques.
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	abstract = {Introduction
L'augmentation prononcée du nombre de publications renforce les connaissances scientifiques et médicales mais rend plus complexe la synthèse des résultats de la recherche scientifique. Le thésaurus MeSH a été créé au milieu du XXe siècle dans le but de systématiser l'indexation et de faciliter la récupération des articles scientifiques. Malgré l'avènement des moteurs de recherche par termes libres, peu d'études ont remis en question la pertinence du thésaurus MeSH, et aucune ne l'a fait de manière systématique. L'objectif de notre étude était de mesurer l'apport du thésaurus MeSH dans les requêtes PubMed construites pour des revues systématiques (RS) de la littérature.
Méthodes
Nous avons sélectionné l'ensemble des RS publiées dans quatre journaux prestigieux entre 2012 et 2021 et pour lesquelles une requête PubMed a été fournie. Chaque requête originale (V1) a été transformée pour obtenir une version contenant uniquement des mots du texte (V2) et une version contenant uniquement des termes MeSH (V3). Les trois requêtes ont été comparées en termes de sensibilité et de valeur prédictive positive (VPP).
Résultats
Au total, 70 RS ont été incluses. Trois requêtes V1 (4,3 \%) ne contenaient que des termes MeSH, 8 (11,4 \%) ne contenaient que des mots du texte, et 59 (84,3 \%) contenaient à la fois des termes MeSH et des mots du texte. La suppression des termes MeSH a diminué la sensibilité médiane (50,0 \% pour V1 à 42,4 \% pour V2) et a augmenté la VPP médiane (1,3 \% pour V1 à 1,6 \% pour V2), elle n'a eu aucun effet sur le nombre d'articles pertinents récupérés pour 39 des 70 revues (56 \%). En revanche, la suppression des mots du texte a diminué la sensibilité médiane (50 \% pour V1 à 16,7 \% pour V3) et a diminué la VPP médiane (1,3 \% pour V1 à 1,0 \% pour V3). En d'autres termes, les requêtes contenant des termes MeSH et des mots du texte fournissaient en moyenne 4 articles pertinents supplémentaires par RS par rapport aux requêtes contenant uniquement des mots du texte, mais il fallait trier 769 articles supplémentaires.
Conclusion
Il apparaît que l'ajout de sensibilité par l'utilisation du thésaurus MeSH est relativement faible et cette augmentation entraîne une perte de VPP significative. Le thésaurus Mesh pourrait ne pas être adapté aux enjeux futurs d'optimisation de la vitesse de réalisation des revues systématiques.},
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